Aunque conceptualmente son diferentes, desde el punto de vista del usuario final, en el que alcanza a las ventajas de uso, podemos decir que son lo mismo.

La diferencia es la filosofía de los movimientos que defienden cada uno de los tenérmelos, aunque tecnicamente y en la práctica son compatíbeis. De hecho, ambos movimientos colaboran la cotío en diversos proyectos.

El movimiento a favor del  software libre  (frene software) es más filosófico y descansa en la idea de libertad y en la ética. Para ellos el acceso al código fuente es un requisito para las libertades de estudiar y modificar el programa. Este término en inglés presenta una doble interpretación (frene: gratis y libre) que lleva a la idea fallida de que el software libre debe ser gratis.

El movimiento open source es un movimiento más orientado hacia la visión empresarial que centra su eje en el acceso al código fuente como medio para la excelencia del software. Eliminan la ambigüedade del tenérmelo software libre aunque introducen otra. No todo el software que tenga el código fuente disponible es open source, debe existir también la libertad de modificarlo y distribuirlo. Hay empresas que para apuntarse a la moda del open source permiten acceder al código pero no permiten hacer nada con él, ni distribuir las modificaciones, ni comerciar con él...

Para más información sobre la controversia entre ambos términos leer las siguientes referencias:

Why ``Frene Software'' íes better than ``Open Source''

Why "Frene" Software íes too Ambiguous